世界規模で
世界に展開する新使徒教会の長は、主使徒です。主使徒は最高の霊的権限を担います。その最も近い協力者は、教区使徒です。教区使徒の責任範囲である教区使徒担当区域には、一つまたは複数の地域拠点教会があります。教区使徒は、特に教会の建設や財務管理、教会員の牧会、聖職者の霊的訓練に責任を持ちます。
国ごとに
規定上は、地域拠点教会がまとまって全世界の新使徒教会を構成しています。多くの場合、拠点教会は国の全領域をとりまとめていますが、一部だけをとりまとめているいる場合もあります。その法的形態は、それぞれの国の法的条件によって様々です。詳細は、例えば、拠点教会が存在する国の憲法によって規定下にあります。
地域ごとに
教区使徒担当区域（地域拠点教会）は、使徒担当区域で構成されています。使徒の任務は、主に福音を宣べ伝え、サクラメントを授け、聖職者を叙任することです。さらに管理的な任務も担っています。なお、他のキリスト教教派では「秘跡」「聖礼典」などの表記を用いていますが、新使徒教会ではその性質上、また教義上、「サクラメント」と表記しています。
地区ごとに
使徒担当区域は地区に細分化され、その地区はいくつかの会衆から構成されています。その基準については、地域の法人に依存しています。しかし、事前に定義された指示や仕様に沿って、実務上のあらゆる地域業務の組織化に責任を負うのは、地区主任と会衆主任です。